Podrán ser beneficiarios de la subvención las empresas, o agrupaciones de empresas, participantes directas en el IPCEI-CIS e IPCEI-MICRO y cuyos los proyectos se ajustan a lo​ dispuesto en la Comunicación de la Comisión C(2021) 8481 final “Criterios para el análisis de la compatibilidad con el mercado interior de las ayudas para fomentar la realización de proyectos importantes de interés común europeo”, así como la decisión que en su momento publique la Comisión Europea en relación con el IPCEI – CIS o a la Decisión C(2023) 3817 de la Comisión Europea para el IPCEI-MICRO.

Las entidades beneficiarias son aquellas que cumplan los requisitos detallados en el artículo 8 de la Orden ETD/1236/2023.​